PiMP is built using Python, R, Java, HTML, CSS, and Javascript, and uses a MySQL database. See below for information.

  • Java
  • RabbitMQ
  • JavaScript and the following libraries:
  • Python 2.7 and the following libraries:
    • amqp
    • amqplib
    • anyjson
    • billiard
    • celery
    • Django
    • django-celery
    • django-chartit
    • django-extensions
    • django-registration
    • django-jquery-file-upload
    • funcsigs
    • honcho
    • jsonpickle
    • kombu
    • lxml
    • matplotlib
    • mock
    • MySQL-python
    • nose
    • numpy
    • pbr
    • Pillow
    • pip
    • pyparsing
    • PySide
    • python-dateutil
    • pytz
    • rpy2
    • scipy
    • scikit-learn
    • setuptools
    • simplejson
    • six
    • sqlparse
    • suds
    • virtualenv
    • virtualenvwrapper
    • wheel
  • R 3.2 and the following packages:
    • AnnotationDbi
    • BH
    • Biobase
    • BiocGenerics
    • BiocInstaller
    • Biostrings
    • DBI
    • Formula
    • Hmisc
    • IRanges
    • KEGGREST
    • KernSmooth
    • MASS
    • Matrix
    • PiMP
    • PiMPDB
    • ProtGenerics
    • R.methodsS3
    • R.oo
    • R.utils
    • R6
    • RColorBrewer
    • RCurl
    • RJSONIO
    • RMySQL
    • RSQLite
    • RUnit
    • Rcpp
    • S4Vectors
    • XLConnect
    • XLConnectJars
    • XML
    • XVector
    • acepack
    • bitops
    • brew
    • caTools
    • cluster
    • codetools
    • colorspace
    • curl
    • devtools
    • dichromat
    • digest
    • doParallel
    • evaluate
    • fields
    • foreach
    • foreign
    • gdata
    • ggplot2
    • git2r
    • gplots
    • gptk
    • gridExtra
    • gtable
    • gtools
    • httr
    • impute
    • iterators
    • jsonlite
    • labeling
    • lattice
    • latticeExtra
    • limma
    • magrittr
    • maps
    • memoise
    • mime
    • munsell
    • mzR
    • mzmatch.R
    • nloptr
    • nnet
    • outliers
    • packrat
    • plyr
    • png
    • proto
    • ptw
    • rJava
    • reshape2
    • roxygen2
    • rpart
    • rstudioapi
    • rversions
    • scales
    • snow
    • spam
    • stringi
    • stringr
    • survival
    • whisker
    • xcms
    • xml2
    • yaml
    • zlibbioc